Hiện nay, cơ cấu tổ chức của Uỷ ban gồm:
– Ban lãnh đạo: gồm 1 Phó Chủ tịch phụ trách và 01 Phó Chủ tịch.
– Bộ máy giúp việc gồm 5 đơn vị:
+ Văn phòng: Tham mưu, giúp việc cho Chủ tịch Ủy ban trong công tác chỉ đạo, điều hành hoạt động của Ủy ban.
+ Ban Nghiên cứu và Điều phối chính sách giám sát: Tham mưu, giúp việc cho Chủ tịch Ủy ban trong hoạt động nghiên cứu và điều phối các chính sách giám sát tài chính (ngân hàng, chứng khoán, bảo hiểm).
+ Ban Giám sát tổng hợp: Tham mưu, giúp việc cho Chủ tịch Ủy ban trong giám sát chung toàn bộ thị trường tài chính.
+ Ban Giám sát các tập đoàn tài chính: Tham mưu, giúp việc cho Chủ tịch Ủy ban trong giám sát tổ chức và hoạt động của các tập đoàn tài chính tại Việt Nam.
+ Trung tâm Thông tin giám sát tài chính Quốc gia: Là đơn vị trực thuộc, có chức năng thu thập, tổng hợp, phân tích, xử lý, lưu trữ và cung cấp thông tin giám sát tài chính phục vụ công tác chuyên môn nghiệp vụ cho Ban lãnh đạo và các đơn vị chức năng liên quan thuộc Ủy ban.
Bộ máy tổ chức của Ủy ban đang được phát triển và kiện toàn để hoàn thành tốt hơn nhiệm vụ mà Thủ tướng Chính phủ đã giao.