Quá trình hình thành và phát triển:
Giai đoạn thành lập (2008-2009): Khi thành lập, Ủy ban mới có đồng chí Chủ tịch Ủy ban và một số cán bộ từ Văn phòng Chính phủ sang giúp việc. Đến tháng 6/2008, Ủy ban được bổ sung một đồng chí Phó Chủ tịch, sau đó, bắt đầu tiếp nhận một số cán bộ từ Ngân hàng Nhà nước và các bộ, ngành về công tác để dần hình thành bộ máy tổ chức.
Giai đoạn chính thức đi vào hoạt động (2009-nay): Ngày 18/5/2009, Thủ tướng Chính phủ ký Quyết định 79/2009/QĐ-TTg ban hành Quy chế tổ chức và hoạt động của Ủy ban Giám sát tài chính Quốc gia. Trên nền tảng pháp lý này, Ủy ban đã xây dựng mô hình tổ chức và hoạt động như hiện nay: Ủy ban là cơ quan có tư cách pháp nhân, có trụ sở chính tại Hà Nội và con dấu riêng, hoạt động độc lập, khách quan trong hoạt động tham mưu, tư vấn cho Thủ tướng Chính phủ, làm việc theo chế độ Thủ trưởng, bảo đảm nguyên tắc tập trung dân chủ và chịu sự chỉ đạo trực tiếp của Thủ tướng Chính phủ.
Nguồn nhân lực của Ủy Ban không ngừng được nâng cao thông qua chính sách thu hút, tuyển dụng chặt chẽ và chiến lược đào tạo lâu dài, hiệu quả. Với đặc trưng là một cơ quan tham mưu, tư vấn cho Thủ tướng Chính Phủ, nguồn nhân lực của Ủy ban quy tụ một đội ngũ cán bộ, công chức có trình độ chuyên môn cao. Trên 40% cán bộ của Ủy ban có trình độ trên đại học. Trong đó có nhiều cán bộ đã kinh qua nhiều cương vị công tác then chốt hoặc đã đảm nhiệm những trọng trách quan trọng ở nhiều cơ quan Nhà nước. Tất cả cán bộ công chức Ủy ban đều nỗ lực làm việc trên tinh thần hợp tác, đoàn kết vì mục tiêu chung. Bên cạnh đó, Ủy ban cũng đã xây dựng được một đội ngũ đông đảo cộng tác viên có trình độ cao, nhiệt tình tham gia vào các đề án, các hoạt động nghiên cứu, tham mưu và tư vấn chính sách của Ủy ban.
Trong quá trình hoạt động, Ủy ban đã nhận được sự quan tâm, chỉ đạo đặc biệt của Thủ tướng Chính phủ, các Phó Thủ tướng, sự phối kết hợp chặt chẽ từ Văn phòng Chính phủ, các Bộ ngành, các Ủy ban của Quốc hội. Các cơ quan ngoại giao, tổ chức quốc tế tại Việt Nam cũng tích cực ủng hộ thông qua các hoạt động hợp tác song phương và đa phương, hỗ trợ kỹ thuật…